Поиск информации для исследований и разработки противовирусных и антибактериальных препаратов с помощью ресурсов Embase и Reaxys Medicinal ...
←
→
Транскрипция содержимого страницы
Если ваш браузер не отображает страницу правильно, пожалуйста, читайте содержимое страницы ниже
Поиск информации для исследований и разработки противовирусных и антибактериальных препаратов с помощью ресурсов Embase и Reaxys Medicinal Chemistry Андрей Григорьевич Худошин, к.х.н. Директор направления химико-биологических решений Elsevier S&T в России, Украине, странах Ближнего востока и СНГ. a.khudoshin@Elsevier.com Апрель, 2020
План
• Reaxys Medicinal Chemistry для поиска экспериментальных данных и
информации по соединениям с антибактериальной и
противовирусной активностью;
• Embase для поиска биомедицинской информации по препаратам или
заболеваниям (например, доклиническим и клиническим
исследованиям; побочным эффектам; исследованиям комбинаций
препаратов; взаимодействии препаратов);
• Embase и Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования
препаратов.
2
План
• Reaxys Medicinal Chemistry для поиска экспериментальных данных и
информации по соединениям с антибактериальной и
противовирусной активностью;
• Embase для поиска биомедицинской информации по препаратам или
заболеваниям (например, доклиническим и клиническим
исследованиям; побочным эффектам; исследованиям комбинаций
препаратов; взаимодействии препаратов);
• Embase и Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования
препаратов.
3
Reaxys Medicinal Chemistry для поиска
информации и экспериментальных данных по
медицинской химии
4
Обзор Reaxys и Reaxys Medicinal Chemistry 2019
Библиографическа
База соединений
я база
>118 миллионов
>59 миллионов соединений (общий
записей контент)
(более ~16,000 ~ 87 миллионов
журналов + записи соединений
База ключевых патентных (уникальных)
организаций)
биологической База мишеней
активности Reaxys 26 740 мишеней,
>37 миллионов & RMC включая информацию
экспериментальных 2019 о видах
записей данных по
биоактивности База свойств
База химических > 500 миллионов
реакций экспериментальных
>49 миллионов одно свойств в > 400
и много-стадийных поисковых полях в >
реакций 130 предметных
областях
Благодаря высоко детализированной таксономии контент легко
обнаружить
• Исключительная глубина и
полнота систематики
• Мульти-доменость для
покрытия различных аспектов
медицинской химии
• Ссылки на терминологию,
наиболее рекомендуемую
научным сообществом, на
основе Emtree с несколькими
механизмами для обновления
языка и концепций
(кол-во терминов, кол-во уровней)
Благодаря высоко детализированной таксономии контент легко обнаружить
Таксономия видов в Reaxys Medicinal Chemistry включает бактерии и вирусы
Таксономия мишеней в Reaxys Medicinal Chemistry 1) Поиск вирусных и бактериальных белков в качестве мишеней
2) Поиск запатентованных или описанных противовирусных или антибактериальных соединений
3) Поиск соединений с экспериментальной противовирусной или антибактериальной активностью (неспецифический поиск)
3б) Сложные варианты поиска
План
• Reaxys Medicinal Chemistry для поиска экспериментальных данных и
информации по соединениям с антибактериальной и
противовирусной активностью;
• Embase для поиска биомедицинской информации по препаратам или
заболеваниям (например, доклиническим и клиническим
исследованиям; побочным эффектам; исследованиям комбинаций
препаратов; взаимодействии препаратов);
• Embase и Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования
препаратов.
13Embase для поиска биомедицинской
информации по препаратам или заболеваниям
14Embase наиболее полная биомедицинская база данных
Более 8,100 журналов /
Embase 37,2 миллиона записей
Embase
• Углубленное индексирование препаратов,
2,900 journals not available
заболеваний, мед.изделий с использованием
on MEDLINE более чем в >2x раза больше терминов
чем в MEDLINE
• Уникальные поисковые функции для
поиска рефератов и индексных терминов и
MEDLINE множества фильтров
• Возможность сохранить, поделиться и
редактировать сложным поисковым
запросом с группой
• Уникальное покрытие более 3.6m
рефератов конференций из >7000
Embase конференций (добавленные с 2009)
содержит все из
• Более качественное покрытие не
MEDLINE англоязычного контента и РКИПри индексировании и для поиска в Embase используется биомедицинское таксономическое дерево Emtree В чем разница? Поиск с помощью таксономии может включать (биомедицинские) синонимы, основополагающие понятия или предпочтительные термины. Результаты поиска не зависят от используемой терминоголии. Почему это важно? Поиск с помощью таксономии даст более точные и полные результаты. Т.к. выполняется автоматический посик по синонимам и подтерминам. Когда имеешь дело с растущими объемами информации, точность имеет значение. Кто получит преимущества? Любой исследователь, кому необходим комплексный результирующий набор: при написании систематического обзора, для отслеживания безопасности препаратов или мед.изделий
Важное
В ЧЕМ ЦЕННОСТЬ И ОТЛИЧИЕ EMTREE? [ДЕМО]
определение
В РЕЗУЛЬТАТЫ ПОИСКА ВКЛЮЧАЮТСЯ ВСЕ СТАТЬИ С ТИПИЗИРОВАННЫМИ ТЕРМИНАМИ И СИНОНИМАМИ
1. Emtree содержит > 86,000 предпочитаемых терминов
для поиска, в том числе >32,000 лекарств и
хим.молекул, >5,500 медицинских изделий (MEDLINE
содержит только 27,000 предпочтительных терминов,
включая ~9,250 лекарств)
2. Emtree содержит > 407,500 синонимов, которые могут
быть использованы для поиска, т.к. при поиске они
ДЕТАЛЬНАЯ ТАКСОНОМИЯ
могут автоматически подключать соответствующие БАКТЕРИАЛЬНЫХ И
предпочтительные терминамы ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ
(WoS/Google не имеет синонимов, результаты поиска ДЕТАЛЬНАЯ ТАКСОНОМИЯ
зависят от термина используемого при запросе) ДЕТАЛЬНАЯ ТАКСОНОМИЯ ПРОТИВОВИРУСНЫХ
БАКТЕРИЙ И ВИРУСОВ ПРЕПАРАТОВ И АНТИБИОТИКОВ
3. Emtree имеет разветвленную древовидную структуру,
что делает возможным поиск по группам терминов
(например, антибиотики) (Такой поиск невозможен в
Google, который не имеет древовидной таксономии.
Например поиск в Google по "heart attack" пропустит
записи "myocardial infarction" или статьи,
проиндексированные с помощью термина Emtree «heart
infarction»)
Андрей Худошин, к.х.н., a.khudoshin@elsevier.com EMBASE 17Emtree онлайн демонстрация:
• Таксономия бактерий и вирусов
• Таксономия инфекций (бактериальных, вирусных)
• Таксономия противовирусных препаратов и антибиотиков
18Всеобъемлющее содержание и глубокое индексирование означает, что Вы не пропустите важные результаты
В настоящее время Covid 19 – имеет статус Candidate term
(кандидат в термины Emtree)
Поиск с
автопредложением из
Emtree
Иерархия и синонимы будут
добавлены в Emtree в релизе
2020.02Специфический поисковый запрос
по теме Covid 19
'coronavirus disease 2019'/exp OR 'coronavirus disease 2019' OR 'covid 19' OR 'covid 2019' OR
'2019 novel coronavirus' OR ‘ncov-2019' OR '2019-ncov' OR 'novel coronavirus 2019' OR (wuhan
AND coronavirus) OR (human NEAR/2 coronavirus NEAR/2 2019) OR 'sars cov 2' OR 'human
coronavirus 2019' OR ‘ncov 2019' OR ‘ncov-19’ OR ’Severe acute respiratory syndrome coronavirus
2’ OR ’SARS coronavirus 2’
21https://www.elsevier.com/connect/coronavirus-
information-center
В бесплатном информационном центре, расположенном по ссылке:
https://www.elsevier.com/connect/coronavirus-information-center доступна следующая
информация:
1. Последние исследования в области COVID-19 и схожих вирусов – ссылки на материалы платформы
ScienceDirect
2. Ссылки на доступ к журналам The Lancet и Cell
3. Комментарии международных экспертов и информация от международных медицинских организаций
4. Тематические подкасты и вебинары
5. Клинические данные
6. Исследования и информация в области разработки вакцин
7. Последние новости и дополнительная информация
8. Ссылки на материалы других издательств и организаций
22Поиск доклинических и клинических исследований по
антивирусам в Embase Clinical trials Используется для оригинальных...
отчетов о проспективных клинических исследованиях, в которых оценивается (сравнительная)
эффективность одного или нескольких медицинских вмешательств на людях; также используется
для проспективных клинических ветеринарных исследований, в которых оценивается
Other study types
clinical trial (сравнительная) эффективность одного или нескольких медицинских вмешательств на животных observational study
отчетов о клинических испытаниях с использованием контрольной группы (например, плацебо,
controlled фиктивное лечение или отсутствие лечения, стандартное вмешательство) Для сравнения с pilot study
clinical trial экспериментальным вмешательством
phase 1 статей, в которых отчетные исследования определены как клинические испытания фазы 1 longitudinal study
clinical trial (ограниченные испытаниями лекарственных препаратов)
phase 2 статей, в которых отчетные исследования определены как клинические испытания фазы 2
retrospective study
clinical trial (ограниченные испытаниями лекарственных препаратов)
phase 3 статей, в которых отчетные исследования определены как клинические испытания фазы 3
case control study
clinical trial (ограниченные испытаниями лекарственных препаратов)
phase 4
cohort analysis
статей, в которых отчетные исследования определены как клинические испытания фазы 4
clinical trial(ограниченные испытаниями лекарственных препаратов)
отчетов об оценке медицинских вмешательств путем статистического анализа большой
cross-sectional
коллекции результатов анализа отдельных исследований, с целью интеграции полученных
meta analysis результатов; не ограничивается клиническими испытаниями study
randomized отчетов о клинических испытаниях с использованием контрольной группы (например, плацебо, systematic review
фиктивное лечение или отсутствие лечения, стандартное вмешательство) Для сравнения с
controlled экспериментальным вмешательством, со случайным распределением испытуемых на
trial экспериментальную и контрольную группы
controlled study
double blind статей, сообщающих о клинических испытаниях, в которых используется двойная слепая
процедура. Также используется для неоригинальных исследований, но только в том случае, если
procedure концепция является основной темой diagnostic test
single blind статей, сообщающих о клинических испытаниях, в которых используется одна слепая процедура.
Также используется для неоригинальных исследований, но только в том случае, если концепция accuracy study
procedure является основной темой
статей, сообщающих о клинических испытаниях, в которых используется перекрестная
crossover процедура. Также используется для неоригинальных исследований, но только в том случае, если
procedure концепция является основной темой
multicenter Human study types
study отчетов о клинических испытаниях, проведенных в двух или более медицинских центрах
human
normal human
Animal study types major clinical study
practice guideline – актуальные nonhuman clinical article
практические руководства animal experiment case report
animal tissue human experiment
animal cell human tissue
animal model human cell
23Индексирование: подзаголовки Важное
определение
Подзаголовки это связанные термины Emtree, которые
Подзаголовки препаратов:
используются в качестве классификаторов понятий adverse drug reaction
препаратов, заболеваний и мед.изделий для уточнения смысла, clinical trial
обеспечивая точное представление о том, что статья drug administration
drug analysis
охватывает. drug combination
comp Подзаголовки drug comparison
licati cong заболеваний: drug concentration
thera on enital drug development
py disor complication
der congenital disorder drug dose
surge diagn diagnosis drug interaction
ry osis disease management drug therapy
disea drug resistance drug toxicity
se drug therapy endogenous compound
side
mana epidemiology pharmaceutics
effect
geme
Dise nt etiology pharmacoeconomics
pharmacokinetics
prevention
reha ase drug radiotherapy pharmacology
bilitat resist special situation for pharmacovigilance [NEW]
ion ance rehabilitation
side effect unexpected outcome of drug treatment [NEW]
radiot drug surgery +47 путей введения
hera thera therapy
py py
epide
Подзаголовки мед.изделий:
preve adverse device effect
miolo
ntion etiolo
gy
gy clinical trial
device comparison
device economicsВажное
Индексирование: тройные связи определение
Тройное индексирование - это трех уровневое
индексирование полного текста статьи. Ключевой
Термин
подзаголовок
Состоит из :
‒ Термина (препарата или заболевание, или drug adverse drug reaction
мед.изделия) drug drug combination
‒ Ключевого подзаголовка (взаимосвязь) drug drug comparison
‒ Связанного термина (например, stomatitis, drug drug interaction
hypertension, stroke, nausea, etc.)
drug drug therapy
drug special situation for PV
Тройное индексирование начато в 1 квартале 2007 для
триплетов препаратов (медикаментозная терапия с 2 drug unexpected outcome
квартала 2009). Мед.изделия во 2 квартале 2014. device adverse device effect
device device comparison
disease drug therapy
disease side effect
Radiopharm Adverse
Liver
aceutical drug
toxicity
agent reactionНайдем практические руководства по лечению ТОРС (SARS)
Какие препараты используются? [демо]
Экспортируйте список
препаратов для анализа
26Стратегии полного поиска релевантной информации в Embase
при исследованиях и разработке противовирусных и
антибактериальных препаратов
[при необходимости]
Экспорт
Поиск препаратов Поиск всех статей по Выбор периода
препаратов Disease
рекомендуемых в времени в фильтрах
клинической практике против
бактериальных или вирусных
: данному заболеванию (в
Emtree или контекстным
поиском)
Фильтрация
Study type: practice guidelines Publication years
-> выбор
заболевания ->
drug therapy ->
заболеваний Экспорт ПЭ Drugs - экспорт
> выбор препарата
-> adverse drug
Поиск побочных эффектов Поиск всех статей по reaction -> экспорт
заданного препарата или
группы препаратов. Поиск
взаимодействий препаратов
: препарату или группе (в
Emtree или контекстным
поиском)
[при необходимости]
Фильтрация
Study type: выбрать
Экспорт
взаимодействий
необходимые Drugs -> выбор
препарата -> drug
interactions ->
экспорт
Выбор фильтра по
Поиск всех статей по комбинациям
Фильтрация Изучение документов
Поиск доклинических или
клинических исследований
комбинаций препаратов.
: одному из препаратов (в
Emtree или контекстным
Study type: выбрать
необходимые
Drugs -> выбор
препарата -> drug
combination ->
поиском)
выбор препаратов -
> Apply
27План
• Reaxys Medicinal Chemistry для поиска экспериментальных данных и
информации по соединениям с антибактериальной и
противовирусной активностью;
• Embase для поиска биомедицинской информации по препаратам или
заболеваниям (например, доклиническим и клиническим
исследованиям; побочным эффектам; исследованиям комбинаций
препаратов; взаимодействии препаратов);
• Embase и Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования
препаратов.
28Репозиционирования лекарственных средств для лечения
(редких) заболеваний
www.Novartis.com
Соединения, предназначенные для репозиционирования, уже прошли обширные доклинические и
клинические испытания и показали безопасность в своих первоначальных показаниях.
Основные преимущества репозиционирования лекарств заключаются в следующем:
➢ Более короткое время разработки
➢ Более низкие затраты на разработку-профили безопасности продукции уже будут установлены
➢ Более высокие показатели успехаEmbase для перепрофилирования препаратов (поиск
доклинических и клинических данных). streptococcus pneumonia
Интересный пример: лечение
streptococcus pneumonia с
помощью преднизона (не
относится к антибиотикам)Embase для перепрофилирования препаратов. Какие побочные
эффекты у преднизона? С чем его комбинируют при лечении
Пневмония – побочный
пневмоний? эффект преднизона для
лечении опухолей
Пневмония –
побочный
эффект
преднизона....?
Преднизон часто
встречается в статьях о
пневмониях, в том числе
в соченаниях с
различными
препаратами.Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования
препаратов. С чего начать? Определим мишени.
Мишени человека
Мишени бактерий
Мишени вирусов
https://doi.org/10.1038/nrmicr
o2090 yycF/G as a drug target in emerging zoonotic pathogen
Streptococcus suis // https://www.wur.nl/en/project/yycFG-
as-a-drug-target-in-emerging-zoonotic-pathogen- https://pathwaystudio.com
Streptococcus-suis.htmReaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования препаратов. С чего начать? Определим мишени. https://doi.org/10.1016/j.jmii.2020.03.034
Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования
препаратов. А если нужных мишеней в базе нет?
• COVID-19 RdRp shares 97% sequence
identity to SARS.
SARS-CoV-2 3CLpro is conserved, https://doi.org/10.1016/j.lfs.2020.117477
share 99.02% sequence identity with
Structure and screening results of important SARS-CoV 3CLpro and together with
targets such as 3-chymotrypsin-like 12 point-mutations.
protease (3CLpro), Spike, RNA-dependent https://doi.org/10.1016/j.jpha.2020.03.
RNA polymerase (RdRp), and papain like 009
protease (PLpro) were discussed in detail.
https://doi.org/10.1016/j.apsb.2020.02.008Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования препаратов. Скрининг релевантных мишеней родственных видов Coronavirus; coronavirus https://www.elsevier.com/connect/coronavirus-information-center
Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования препаратов. Поиск всех соединений, похожих на высокоактивные
Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования препаратов. Поиск всех соединений, похожих на высокоактивные
Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования препаратов. Как действуют на человека найденные хемофоры?
Reaxys Medicinal Chemistry для перепрофилирования препаратов. Что известно о токсичности найденного хемофора?
Спасибо за внимание! http://elsevierscience.ru/news/udalennyj-dostup-k-resursam- elsevier-dlya-rossijskih-polzovatelej/
Вы также можете почитать
